Duke Nukem 3D: Atomic - Megaton - #02

O jogo é ambientado no século 21, no ano 2008, quando aliens assassinos invadem a Terra com planos para destruir a humanidade usando a força vital das mulheres para se reproduzirem e se tornarem mais fortes. Os aliens dominam a base da EDF no espaço e o exército da Terra é eliminado. Os policiais são transformados em porcos mutantes a serviço dos alienígenas e a Terra só tem uma chance: Duke Nukem, que voltava da base espacial dos temidos rigelatians, raça alienígena que tinha acabado de aterrorizar a Terra, quando recebeu uma mensagem: "socorro, aliens assassinos invadiram a Terra!". Quando ele voltava em sua nave foi surpreendido por um ataque alienígena que explodiu sua nave. Assim inicia-se a aventura.